奈良のシカの遺伝的な独自性を解明！
ニホンジカは日本を代表する野生動物で、上は北海道から下は南西諸島まで広く分布しています。
これまでにも、ニホンジカがいつ日本列島に移入し、どのように分布を拡大していったかについて、遺伝子解析にもとづく研究がなされてきました。
一方で、ニホンジカは古くから狩猟対象とされる一方で、特定の地域では信仰対象として守られてきた背景があります。
たとえば、紀伊半島の多くの地域では狩猟や開拓によりシカ集団が縮小してきた歴史がありますが、反対に、春日大社を中心とする奈良公園では1000年以上も前から人々の手でニホンジカが保護されてきました。
これについては、奈良時代に常陸国（ひたちのくに、現在の茨城県）から神様が白いシカに乗って春日大社にやって来たという逸話から、シカが「神の使い」として重宝されるようになったと言い伝えられています。
そのため、シカ集団の遺伝構造は歴史的な人間活動の影響を受けていると思われますが、詳細はよく分かっていませんでした。
そこで研究チームは、古くから人間活動が盛んであった紀伊半島のニホンジカ集団を対象に遺伝子調査を開始。
まず、奈良公園を含む紀伊半島の30地点からニホンジカ294個体の血液や組織サンプルを採取し、DNAを抽出します。
そこから得られたDNA情報をもとに各サンプルの遺伝子型を決定し、「系統解析」と「集団遺伝構造解析」を行いました。
系統解析とは、A・T・G・CからなるDNAの塩基配列の違いを統計的に比較することで、種間あるいは地域間の関係を推定する手法のこと。
集団遺伝構造解析とは、遺伝的多様性や他集団からの遺伝的分化の程度などから、集団が持つ遺伝的な特徴をグループ分けする手法のことです。
そして系統解析の結果、紀伊半島内のニホンジカには18タイプのミトコンドリアDNAの遺伝子型（ハプロタイプ）が見つかり、奈良公園のシカ集団からは、そのうちの一つであるハプロタイプS4のみが確認されました。
ハプロタイプS4は他の地域では一切見つかっておらず、奈良公園のシカは独自の遺伝子型を持っていることが分かったのです。
（※ ハプロタイプとは、片方の親から受け継いだ遺伝子の組み合わせを指し、ミトコンドリアDNAは母親からのみ遺伝する）
また集団遺伝構造解析によると、紀伊半島のニホンジカは遺伝的に「奈良公園・東部・西部」の3つのグループに分けられることがわかりました。
これら3グループが遺伝的に分岐した年代を調べたところ、祖先集団から約1000年以上前に奈良公園のグループが分岐し、約500年前に東部と西部のグループが分岐したことが判明します。
そして東部と西部に分かれていたグループは、紀伊半島中央部で合流し混合した新たなグループも作っていました。
つまり紀伊半島の他の地域ではシカ集団が遺伝的に交流していたのに対し、奈良公園のシカだけ他集団との交流がないまま、独自の遺伝子型を1000年以上も維持していたのです。
研究者はこれについて、奈良公園のシカは古くから”神の使い”として保護されることで、1000年以上も遺伝的な独自性を守り抜いてきたと指摘。
ここには明らかに人間活動の影響の跡が見られます。
紀伊半島の多くの地域では、狩猟や開拓によりシカ集団が縮小し、追いやられて他集団と合流するなどしてきたのに対し、奈良公園のシカは人々に保護され続けたことで、集団の規模と独自の遺伝子を維持していたのです。
研究主任の一人で、福島大学の高木俊人氏は「奈良のシカはまさに”生きる文化財”と呼べる存在であり、今後の保護や管理を考える上で重要な知見となりました」と話しています。
