実験対象とする種と遺伝子を探す手段として、スクェア氏らは魚の遺伝的な歴史を調べました。
魚は地球で最初の脊椎動物であり、魚の遺伝子を系統的に分析することで、脊椎動物の起源に迫れると考えたからです。
その過程は、上の図のような系統樹で示されています。
この系統樹によれば、私たちに馴染み深い硬い骨をもった魚たちは、かなり後期になって誕生したことがわかります。
また系統樹を遡れるだけさかのぼることで、後になって作られた遺伝子を取り除き、脊椎動物化に必要な遺伝子を絞っていきました。
結果、実験対象をヤツメウナギからエンドセリンという遺伝子を引き抜く（ノックアウトする）ことにしました。
ヤツメウナギは上の系統樹からもわかるように、最も原始的な脊椎動物です。
またエンドセリンは、脊椎動物に特徴的な遺伝子であり、脊椎動物に特有の体のパーツを作るのに必須であると考えられています。
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